Não.
A forma de pagamento escolhida na primeira parcela será definida para todas as próximas.
Ou seja, caso o cliente pague a primeira parcela no Boleto, só conseguirá pagar as seguintes no Boleto. Se pagar no Cartão, ele já vai pagar a cobrança inteira (vide FAQ – Cartão de Crédito) e nenhuma parcela ficará em aberto.